В соответствии с пунктом 2 статьи 230 Налогового кодекса РФ сведения о доходах физических лиц налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета. Налоговыми агентами согласно пункту 1 статьи 226 НК РФ признаются российские организации, индивидуальные предприниматели и постоянные представительства иностранных организаций в РФ, от которых или в результате отношений с которыми физическое лицо (в частности, работник) получает доходы. Делегирования полномочий и обязанностей налогового агента обособленным подразделениям статьями 226 и 230 НК РФ не предусмотрено.

Таким образом, именно головная организация обязана представлять сведения по форме 2-НДФЛ о доходах работников как головной организации, так и обособленных подразделений по месту своей постановки на налоговый учет. При этом не имеет значения факт выделения обособленного подразделения на отдельный баланс.